Zhruba před tisíci lety, kdy se formoval český a přibližně ve stejnou dobu také rakouský stát, bylo území mezi nimi téměř neobydlené. Jednalo se asi o 150 kilometrů široké lesnaté pásmo, tehdy označované jako „hraniční hvozd“. Do něho náležela i Třeboňská pánev a většina jižních Čech.
Trvalé osídlení do tohoto „hraničního hvozdu“ pronikalo postupně. Zhruba ve 12. století se osídlenci ze severu z Čech a jihu z Rakouska začali setkávat a zájem získat sídelní území přinášel četné střety mezi nimi, které se stupňovaly. Soupeření českých knížat a rakouských vévodů o svrchovanost nad postupně osídlovaným hraničním hvozdem řešil tehdejší nejvyšší představitel Evropy, císař „svaté říše římské“ Fridrich Barbarossa, kterému podléhal český kníže i rakouský vévoda. V roce 1179 na říšském sněmu v Chebu stanovil hranici mezi Čechami a Rakouskem. V dokumentu o stanovení hranice jsou užity tehdejší místní názvy. Česko-rakouská hranice běžela směrem od východu po říčce Hostici (dnes Koštěnický potok) z místa asi 2 km nad dnešním Staňkovským rybníkem (dnes Hotel Peršlák) až do řeky Lužnice a potom proti toku Lužnice směrem na dnešní Suchdol nad Lužnicí. V roce 1179 samozřejmě neexistoval Chlum ani žádná z okolních vesnic a ani Staňkovský rybník nebo rybník Hejtman. Tok Hostice, tvořící hranici, se pod dnešním Hamrem stáčel k severozápadu a běžel přes dnešní rybníky Nový kanclíř, Nové jezero a Nový hospodář a teprve pod dnešním kostelem v Majdaleně se vléval do Lužnice. Současné koryto od Hamru přes Kosky je korytem umělým, prokopaným v polovině 16. století Mikulášem Rutharem z Malešova, který tu pro pány Krajíře z Landštejna stavěl rybníky. Ten přeložil koryto Hostice a na původním toku vybudoval výše zmíněné rybníky. Území, na kterém se dnes rozkládá celý Hamr včetně Kosek, bylo podle chebského vymezení hranice součástí Rakouska celých 379 let a to až do roku 1549.
Vznik vsi Hamr lze datovat do druhé poloviny 13. či počátku 14. století a jde jednoznačně o typicky kolonizační ves. Královský zmocněnec, nazývaný lokátor, přivedl z již přelidněného českého vnitrozemí skupinu 10 - 15 rodin do dosud neobydleného území, kde vyhledali příhodné místo k založení vesnice a tam se usadili. V případě Hamru se jednalo o suchý jižní břeh Hostice. Tehdy šlo pouze o několik desítek metrů, ale podle v tu dobu platného chebského vymezení hranice přece jen v Rakousku. Prostí lidé přicházející do úplně pusté neosídlené krajiny zřejmě neměli žádné zeměpisné ani právní znalosti a usadili se prostě tam, kde pro to našli vhodný terén. S tím, zda je ves podle nějakého dokumentu na pozemcích Rakouska, si tehdy nikdo nelámal hlavu. Území na jih od nich ještě osídleno nebylo, nikdo je tedy nevyháněl a neprotestoval. Ale za čtvrt století poté v polovině 16. století byla situace zcela jiná. Tehdejší Hamr sice podle chebského vymezení hranic ležel v Rakousku, ale všechny poddanské povinnosti plnil do Čech a byl součástí lutovské farnosti a to bylo třeba dát do pořádku. Na podzim roku 1548 byla jmenována česko-rakouská komise, která měla za úkol upřesnit průběh hranic panství a tím i zemskou hranici. Závěrečným písemným dokumentem, který dnes nazýváme hraniční protokol, byl Hamr oficiálně přivtělen ke Království českému do panství Krajířů. Tak se stalo, že od roku 1549 se vesnice Hamr dostala do Čech. Ke změně došlo v míru uzavřenou smlouvou, což nebylo na tehdejší dobu zcela běžné. Hraniční protokol z 1. 5. 1549 obsahuje o vsi Hamr řadu údajů. Celý popis se nachází v německém textu protokolu, který je již opisem původního textu, pořízeným v r. 1628 či 1629. Přesný překlad textu neexistuje a u údajů o vsi Hamr, pro zjevné opisovatelovy zmatky, nebude asi nikdy možno z tohoto textu čerpat přesné údaje.
Zcela jasné a nepochybné je ale to, že Hamr se právně dostal do Čech na základě uvedeného hraničního protokolu z 1. 5. 1549, ač „de facto“ do Čech odedávna patřil, protože svrchovanost nad ním byla vždy vykonána z Čech.
Počátkem roku 1520 probíhala na krajířovské enklávě kolem Lutové rozsáhlá výstavba rybníků. Od roku 1530 zde působil krajířovský hejtman a vynikající vodohospodářský stavitel Mikuláš Ruthart z Malešova. Na samotném toku Hostice a hlavně pak na jejím jižním okolí se skýtala řada dalších příležitostí pro stavby rybníků, mlýnů a hamrů využívajících vodní síly Hostice. To geniální Ruthart a jeho prostřednictvím i Krajíř dobře věděli, a proto jim o Hamr tak šlo. Celé okolí tak prodělalo v průběhu druhé a třetí čtvrtiny 16. století zásadní proměnu, ze zaostalé a hospodářsky nedostatečně využívané oblasti začala přeměna na jednu z nejproduktivnějších částí z celého landštejnsko-bystřického panství Krajířů z Krajku.
